Crédit d’impôt recherche : la « bête noire » des entreprises ?

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Crédit d'impôt

Quelles contraintes et quels risques pour les entreprises ? Quels moyens préventifs et de sauvegarde ? Quels réels pouvoirs des autorités de contrôle ? Quelle évolution actuelle du dispositif ?

Contraintes et risques

Destiné à promouvoir la recherche et le développement de nos entreprises, et depuis quelque temps également, des jeunes entreprises innovantes, le crédit d’impôt recherche (CIR) a longtemps été la « bête noire » des entreprises. Il faut en effet pouvoir constituer un solide dossier, selon des modalités assez complexes, que l’objet du présent article n’est pas de détailler, qui doit conduire à prétendre, par une déclaration n° 2069-A, à un crédit d’impôt, imputable sur l’impôt sur le revenu ou l’impôt sur les sociétés et pouvant être immédiatement remboursé dès la première année, aux PME au sens communautaire (règlement 800/ 2008, annexe I), aux entreprises nouvelles, et jeunes entreprises innovantes, entre autres.

Les Pouvoirs publics ont pris conscience de la complexité de la situation, qui avait conduit pendant plusieurs années à remettre quasiment systématiquement en cause a posteriori des crédits  déclarés en toute bonne foi par des entrepreneurs persuadés d’être éligibles à 100%. Se sont en effet mis en place progressivement, des moyens pour se prémunir contre de tels désagréments.

Moyens préventifs et de sauvegarde

Toute entreprise voulant se prémunir pour son projet de recherche, qu’il s’agisse de recherche fondamentale, de recherche appliquée, ou de développement expérimental, dispose de plusieurs possibilités.

  • 6 mois avant le dépôt de la déclaration de crédit d’impôt recherche n° 2069-A, l’entreprise qui doute, peut interroger (en lui adressant son dossier complet) :
    • l’administration fiscale (voir ci-après : rescrit) ;
    • le Ministère de la Recherche ;
    • l’Agence Nationale de la Recherche ;
    • la Délégation Régionale à la Recherche et à la Technologie ;
    • la Société Oséo Innovation ;
    • Bpifrance, dans le cadre d’un rescrit visé au 3° bis de l’article L-80 B du Livre des Procédures Fiscales.

Les réponses de ces organismes les engagent et sont de nature à empêcher toute remise en cause ultérieure du crédit d’impôt recherche, en cas de réponse favorable donnée.

  • Pareillement, l’entreprise peut faire auprès de l’Administration Centrale (des Finances Publiques), une demande de rescrit. Dispositif non nouveau, et qui peut viser n’importe quelle question fiscale, le rescrit consiste à interroger l’Administration Centrale sur une question bien déterminée (demande à adresser soit à la DGE, Direction des Grandes Entreprises, soit à la Direction Départementale des Finances Publiques dont dépend l’entreprise), et la contraindre à prendre position dans un certain délai, au-delà duquel, si elle ne répond pas, ses services de contrôle ne pourront pas engager de procédure de rectification (redressement) à l’encontre du demandeur sur la question soulevée, et qui, si elle répond dans les délais, engagera toute l’administration fiscale, l’empêchant là aussi de procéder à la moindre rectification dans l’hypothèse où elle aurait pris une décision contraire finalement à ses intérêts. Il s’agit là d’une garantie formidable pour les contribuables, et d’un piège redoutable pour l’administration fiscale, car ses prises de position, tout comme ses silences, lui sont opposables, en vertu de l’article L 80 A du Livre des Procédures Fiscales. Elle est prévue au 3° de l’article L 80-B du Livre précité, et le délai de réponse est généralement de trois mois.
  • Sans condition de chiffre d’affaires, les entreprises peuvent aussi demander elles-mêmes à l’Administration fiscale qu’elle exerce un contrôle sur leur crédit d’impôt recherche (articles L 13-C et L 13-CA du Livre déjà nommé). Le Fisc peut ne pas y donner suite, mais s’il le fait, il doit informer point par point l’entreprise des erreurs, inexactitudes et omissions relevées, et les contribuables n’encourent alors que la régularisation immédiate (ils y ont fortement intérêt !) et seulement des intérêts de retard à taux réduit.
  • Et, depuis juillet 2014, la DGFIP (Direction Générale des Finances Publiques) a mis en ligne, à disposition des entreprises sur son site impôts.gouv.fr, et au format « pdf », une « Notice d’accompagnement de l’entreprise dans sa démarche de déclaration de dépenses éligibles au CIR», que je ne saurais trop conseiller de télécharger et de remplir systématiquement : en effet, forte de ses onze pages, cette notice reprend point par point, et dans le détail, toutes les questions susceptibles d’être soulevées à l’occasion d’un contrôle du CIR (Crédit d’impôt recherche), et permet à l’entreprise de s’apercevoir immédiatement si elle ne peut satisfaire à tel ou tel point de sa demande, par conséquent au crédit d’impôt précité. On craindra d’autant moins les autorités de contrôle qu’on aura pris l’une ou l’autre de ces précautions.

Pouvoirs des autorités de contrôle

Bien sûr, les services du Ministère de la recherche et de la technologie sont compétents pour exercer un certain contrôle sur ce crédit d’impôt particulier, mais, et ce n’est pas là le moindre des paradoxes, les seuls habilités à procéder à des rectifications (redressements ou rappels) de ce crédit d’impôt, sont les agents de l’administration fiscale. C’est là en effet une bien curieuse disposition, quand on sait que la remise en cause éventuelle d’un crédit d’impôt recherche suppose le contrôle de toutes ses composantes. Or, si un vérificateur des impôts peut parfaitement se rendre compte de la qualification de tel personnel ou non, de l’affectation ou non de telle machine aux opérations de recherche, du nombre d’heures travaillées à la recherche ou non, il n’est pas pour autant un scientifique, un « ingénieur ». De très rares exceptions peuvent peut-être se rencontrer, mais en général, un Inspecteur des Finances Publiques, sur l’aspect scientifique, sera incapable de donner la réplique à des scientifiques. De fait, les statistiques montrent que la plupart des remises en cause portent plus sur les autres conditions (qualification des personnels ; nombre d’heures consacrées, etc), qu’à l’appréciation du caractère innovant du projet, lesquels contrôles n’aboutissent en plus,  qu’à environ 17% de redressements.

Evolution du dispositif

Les contrôles effectués montrent depuis quelque temps que dans leur grande majorité, les dépenses déduites sont éligibles à ce crédit d’impôt recherche. A noter qu’une entreprise qui reçoit une décision de refus de son crédit d’impôt recherche, peut demander un réexamen de son dossier, au regard de l’autre crédit parallèle, le CII (Crédit d’impôt Innovation), et peut peut-être y prétendre. Un groupe multipartite associant des parlementaires, syndicats, l’administration fiscale, le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, celui du Redressement productif, conduit une réflexion depuis plusieurs années sur une simplification du crédit d’impôt recherche. Des disparités apparaissent, comme au niveau des sous-traitants intervenant dans son processus. Des avancées ont néanmoins vu le jour, comme l’intégration dans le dispositif de la réponse ministérielle Feltesse, sur l’éligibilité à ce crédit d’impôt, des dépenses de recherche comptabilisées directement en immobilisations. De telles réflexions, qui s’éternisent, ne sont pas de nature à rassurer les entreprises, qui craignent que certaines contraintes ne soient remplacées par d’autres,  ni à rendre pérenne un crédit d’impôt qui leur est pourtant fort utile.

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1 commentaire

  1. Pour que ce soit un peu moins noir, il existe un logiciel pour le CIR (Laboxy). Certes, il ne vous fait pas le dossier en un clic, mais collecte et structure les données (notamment les feuilles de temps) pour simplifier la constitution du dossier tout en le sécurisant.

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